HPV39和HPV16相比，HPV16比较严重。虽然二者都属于高危型，但HPV16型导致癌变的概率会较大，所以HPV16比较严重。
感染HPV39的患者如果属于初次检查发现，则可不进行特殊治疗，但需要定期观察，在3至6个月进行复查。但如果患者出现白带增多的情况，则需要在医生的指导下选择药物治疗，如保妇康栓等，能够缓解症状，如果患者合并出现高度上皮内瘤样病变的现象，则需要及时到医院进行宫颈活检检查，检查是否出现癌变的情况。如果患者只是单纯出现HPV16，则不需进行特殊的治疗。如果患者合并出现高度上皮内瘤样病变的现象，则需要及时到医院采取宫腔镜或者外科手术切除病变，还需定期到医院进行复查。
此外，患者需改善不良的生活习惯，避免熬夜，注意个人卫生，还需增加营养，饮食以清淡为主，避免食用辛辣刺激性的食物，例如辣椒、花椒等。患者应进行适当的运动，例如慢走、快走等，能够提高自身的免疫力，增强抗病能力。