奥美拉唑和泮托拉唑并不一样，其区别一般包括发现时间、治疗效果以及安全性等方面。
1、发现时间
奥美拉唑比泮托拉唑更早被发现，属于第一代质子泵抑制药物，而泮托拉唑为第三代质子泵抑制剂。
2、治疗效果
虽然奥美拉唑与泮托拉唑都具有抑制胃酸分泌的作用，但泮托拉唑对于质子泵结合有很高的选择性，所以抑制胃酸的效果较奥美拉唑更强。
3、安全性
泮托拉唑在弱酸条件下相对于奥美拉唑稳定，且代谢时不容易和细胞色素P450发生反应而引起氧化失败，因此使用时和其它药物发生不良相互作用几率要略低于奥美拉唑，因而泮托拉唑的安全性要高于奥美拉唑。
需要注意的是，奥美拉唑与泮托拉唑虽有差异，但是均能抑制胃酸分泌，临床多用于治疗活动性消化性溃疡、十二指肠溃疡、胃溃疡及反流性食管炎等疾病。此外，因为泮托拉唑对胃酸分泌不但有较强的抑制作用，而且维持时间较长，所以在使用泮托拉唑过程中不应同时使用奥美拉唑，可避免引起消化不良等不良反应。