喉管切开手术的弊端是可能会造成术后出血、肺部感染、气管肉芽等后遗症。
1、术后出血
喉管切开手术是在颈部做切口，将颈部的皮下组织及气管前壁暴露，然后在气管前壁做切口，将气管套管从气管前的切口插入到气管内的手术，在手术后短期内可能会出现局部出血的情况，对于出血较少，不影响恢复的患者通常不需要处理，避免活动刺激伤口，导致出血加重，对于出血较多、病情较重的患者还可以寻找出血点通过手术止血。
2、肺部感染
喉管切开手术之后患者如果不注意局部卫生、护理不当，则可能会出现肺部感染的情况，主要表现为局部充血及水肿，通常还会伴随阵痛或刺痛。如果患者比较虚弱则不适合使用药物治疗，可以通过支气管镜吸引、吸痰等方法改善症状，等待身体恢复之后再使用青霉素、头孢拉定等药物进行治疗。
3、气管肉芽
喉管切开手术后如果需要长期插入气管套管，可能会摩擦刺激气管，出现气管肉芽，对于肉芽较小，没有增大迹象的肉芽一般定期观察即可，对于较大的肉芽通常可以通过手术切除。