一般情况下，水飞蓟对脂肪肝有一定效果。
因为水飞蓟中含有延胡索酸、水飞蓟宾、异水飞蓟宾以及脱氢水飞蓟宾等物质，有保护肝细胞膜、降低肝脏的转氨酶等作用，在临床上不仅可用于治疗慢性肝炎、胆石症以及肝硬化等疾病，还可改善肝硬化。
需要注意的是，虽然水飞蓟对脂肪肝有治疗效果，但对于脂肪肝患者还要积极地寻找和祛除脂肪肝的病因，例如停用可疑肝毒药物、减肥、避免接触肝毒物质以及坚持戒酒等。同时患者还要进行有氧运动，例如慢跑、游泳或者是瑜伽等，一天的运动的时长最好要在半个小时到一个小时左右，才能起到燃烧脂肪的作用。但是，若患者长期缺乏运动，应循序渐进地加强运动量，以免导致肌肉拉伤，且在运动前还要进行热身运动。另外，若水飞蓟对脂肪肝治疗效果不佳，患者还可考虑进行手术治疗，例如肝脏移植手术等。患者在术后也需严格控制体重，可最大程度降低肝移植术后并发症发生率。