清肺化痰丸能和六君子丸可以一同服用，两种药物之间未见有明显的配伍禁忌。患者应遵照医生指导用药，切不可擅自服用。
清肺化痰丸是一种由胆南星、苦杏仁、法半夏等药物组成的中成药，具有降气化痰、止咳平喘的功效，主要用于治疗肺热咳嗽、痰多气喘、痰涎壅盛、肺气不畅等病症。清肺化痰丸的不良反应目前尚不明确，儿童、孕妇、体质虚弱、脾胃虚寒者慎用，同时注意服用期间不要吃辛辣油腻的食物。
六君子丸是一种中成药，具有补脾益气、燥湿化痰、脾胃虚弱的功效，通常用于食量少、气虚痰多、腹胀便溏等症状。六君子丸不良反应尚不明确，孕妇、对本品成分过敏者不宜服用，脾胃阴虚者不宜服用，儿童和年老体弱的儿童应在医生的指导下服用。