附子理中丸的禁忌主要包括有表证、有热证的、对本药成分过敏的患者，而副作用可能会出现心悸，其他尚不明确。
附子理中丸主要由附子、党参、白术、干姜、甘草等药物组成，具有温中健脾的功效，常用于治疗脾胃虚寒引起的呕吐泄泻、手足不温等症状。附子理中丸温里，所以有表证的患者禁忌服用，应先解表。附子、干姜温阳力度较大，所以流黄涕、发热、肛门灼热等有热象症状的患者禁忌服用。对该药物成分过敏的人群禁止服用，以免引起过敏反应，出现皮肤瘙痒、泄泻等不适症状。附子毒性较剧，对于部分患者可耗伤心气，损伤心阴，引起心悸。
此外，儿童、孕妇、年老体弱者应在医师指导下服用。严格按用法用量服用，本品不宜长期服用。服药2周症状无缓解，患者应去医院就诊。