导致凌晨三点醒来心脏不舒服的原因有很多，需要根据不同情况来分析。半夜醒来心脏不舒服有可能是心绞痛、焦虑等导致的。
1、心绞痛
心绞痛由冠状动脉供血不足，心肌急剧的、暂时的缺血与缺氧所致。其特点为发作性的心前区压榨性疼痛，主要位于胸骨后，可放射至心前区和左上肢内侧。如果夜间出现了心绞痛可能会导致夜间醒来心脏不适的情况。常用药物有硝酸甘油、硝酸异山梨酯等，需遵医嘱使用。心绞痛发作时，需快速舌下含服，如果无效则需静脉滴注。也可遵医嘱使用β受体阻滞剂，可以减慢心跳、减弱心肌收缩力、降低血压，从而降低心肌耗氧量以减少心绞痛发作。常用药物有美托洛尔、比索洛尔等。
2、焦虑
部分患者还可能是因为心理疾病导致的凌晨三点醒来心脏不舒服，比如焦虑等。焦虑是一种情绪反应，通常与现实刺激有关，其中含有着急、挂念、忧愁、紧张、恐慌、不安等成分。患者应该及时寻求专业的心理医生来辨别并对症治疗，如放松疗法、认知疗法等。也可进行药物治疗，常用药物有艾司唑仑片、复方地西泮片等。平常患者要保持心情舒畅，避免过度劳累，要养成良好的生活习惯，少吃高油、高盐、高脂、生冷、辛辣、刺激的食物，并且适当的进行体育运动。