一天可以艾灸几个部位，一般没有准确的数据，通常保健用选择三到五组穴位，但治疗用，则根据治疗目的选择。而且艾灸还可以同时灸多个部位，如后背可以同时艾灸胃俞、肺俞、心俞、脾俞，或者是进行督灸，即整个督脉用长艾绒铺上进行艾灸。此外，还可以同时艾灸双侧足三里穴与天枢穴，临床上可以用于治疗腹泻。所以多个穴位同时进行艾灸，且所选用的穴位功效相似，可以相互叠加、相互影响，用于共同治疗疾病。
通常施灸的时间不宜过长，大概10-15分钟即可。另外艾灸时需要注意避免烫伤，如果烫伤后皮肤周围出现小水疱，通常可以自行吸收，若出现大水疱，就需要到医院让医生处理，同时使用烫伤膏等进行治疗。