造血干细胞捐献会对备孕产生一定的影响，所以无论是女性或者是男性在造血干细胞捐献后建议暂时推迟备孕时间，经过数月休息后方可正常备孕。
女性在备孕期间捐献造血干细胞前，应当通过查询月经史和性生活史、检测血液中HCG水平、超声检查等手段确认是否怀孕。如果怀孕，则不建议捐献造血干细胞。如果未怀孕，在捐献造血干细胞后，需推迟备孕期约3个月，避免受捐献造血干细胞时使用的动员剂的影响，并给予血液系统充分的恢复时间。在推迟备孕期间建议及时补充铁剂、叶酸和维生素B12等，恢复血液中各成分水平并为怀孕做准备。
捐献造血干细胞需要提前在捐献者体内注射重组人粒细胞集落刺激因子，通过药物作用将骨髓里的造血干细胞激活，让造血干细胞进入外周血液，然后在体外进行分离，提取造血干细胞。部分捐献者可能会感觉到骨骼、肌肉疼痛。