右侧腰部内部隐隐作痛可能是肾结石、肾囊肿等原因所致，患者需要根据具体病因进行治疗。
1、肾结石
肾结石是指晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏，属于上尿路结石，可能与代谢异常、生活方式等多种因素有关。肾脏存在结石时，有可能会导致梗阻，引起肾脏内压力升高，出现右侧腰部上面内部隐隐作痛的现象。对于结石直径小于0.6cm，表面光滑，结石以下尿路无梗阻，结石未引起尿路完全梗阻的患者可以服用药物排石，比如坦索罗辛、多沙唑嗪，配合大量饮水和适当运动，将结石排出体外。如果症状体积较大则可以通过体外冲击波碎石、经皮肾镜碎石取石术等手术治疗。
2、肾囊肿
肾囊肿在临床上通常指单纯性肾囊肿，发病率在囊性肾病变中居首位。如果肾囊肿比较大，则会对肾脏包膜进行牵拉，造成右侧腰部上面内部隐隐作痛。如有感染，患者可遵医嘱使用头孢泊肟酯片等抗生素治疗。如果囊肿过大，对周围组织产生压迫，可对囊肿进行抽吸并向其中注射硬化剂。囊肿巨大则考虑进行手术切除。