自然周期移植内膜薄，患者可通过药物治疗、物理治疗进行调理，尽量使子宫内膜厚度有所恢复。如患者自身存在部分疾病，导致子宫内膜变薄，应积极治疗原发病。
1.药物治疗
患者可以遵医嘱使用雌激素类药物，如戊酸雌二醇、苯甲酸雌二醇等，适用于由于雌激素分泌量过少而导致的子宫内膜薄，在医生指导下积极补充激素可使子宫内膜厚度恢复至正常水平，可以更好接受胚胎移植。患者用药期间应定期去医院复查自身激素水平，还需要通过做B超监测子宫内膜厚度。
2.物理治疗
患者可以在医生指导下使用电刺激治疗等方法，通过给予局部穴位适当刺激，加快局部血液循环，增强新陈代谢，增加子宫供血量，营养子宫内膜以达到增厚子宫内膜目的。
3.积极治疗原发病
导致子宫内膜薄的疾病有很多，如宫腔粘连和妇科炎症会导致子宫内膜变薄。针对此种情况患者需要针对自身的疾病积极治疗，若患者存在宫腔粘连等情况，则需要手术分离粘连部分，妇科炎症的患者要积极控制感染。