3天鲜胚和5天囊胚最主要的区别是处于胚胎不同的发育阶段，其结构和稳定性也不同。
试管婴儿技术中，3天鲜胚是指受精卵结合后在第3天左右形成的卵裂期胚胎，5天囊胚是指受精卵结合后在第5天左右形成的囊胚，这两种都属于早期胚胎，区别在于处于不同的胚胎生长发育阶段。5天囊胚和3天卵裂期胚胎相比，还具有囊胚液、囊胚腔等，发育较为成熟，细胞结构也较为稳定。同时5天胚囊的着床速度更快，一般1-2天即可着床，而卵裂期胚胎着床时间一般为3-5天，因此能在较短的时间内迅速和子宫内膜建立血液联系，胚胎和子宫内膜能更快更好地紧密结合，有利于提高胚胎着床率。
一般来说，3天卵裂期胚胎和5天囊胚都可用于胚胎移植，患者应根据自身健康状况和医生指导选择适合自己的胚胎类型进行移植。