朊病毒感染后无法治愈，临床上医生通常会指导患者使用金刚烷胺和阿糖腺苷等药物进行治疗，以稳定或改善病情，但其是否有效需要结合患者具体情况以进一步证实。
朊病毒感染以目前的临床医学技术水平无有效的治疗和延长寿命的方法，人感染后一旦进入发病期，致死率接近百分之百，其应对对策主要依靠早期预防。朊病毒本质上不是真正的病毒，而是一种蛋白质，所以阿昔洛韦和干扰素等抗病毒药物对朊病毒无效。朊病毒病主要由感染者和感染动物传播，传播途径包括通过消化道传播即粪-口途径和医源性传播途径。朊病毒感染后患者体内通常不会产生保护性抗体，潜伏期也比较长，病程的进展较为缓慢，处于感染潜伏期的患者其组织和器官都会受到侵袭。
对于朊病毒的防治要从日常防护入手，日常饮食要注意卫生，肉类食物要彻底煮熟。医护人员要严格处理患者的血液和体液，器官移植和捐献不能使用朊病毒感染患者的器官和组织。同时，接触患者的医务人员还需注意在操作期间避免皮肤破损。