一般来说，聚六亚甲基双胍可以长期使用，但剂量不能过大，否则可能会导致毒性聚集。若使用聚六亚甲基双胍出现不良反应，要及时进行诊治，以免延误病情。
聚六亚甲基双胍是一种环保型高分子聚合物消毒剂，是一种半透明无菌型树枝状的固体，它在水中能够产生电离，亲水基部分还有强烈的正电性，一些呈负电性的细菌、病毒可以被吸附，从而达到最佳的杀菌效果。聚六亚甲基双胍具有消毒、杀菌、防霉的作用，其对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、真菌和酵母菌等均有杀灭作用，可广泛应用于日用化学工业、水处理、医疗卫生等领域。
聚六亚甲基双胍有效浓度低，作用速度快，性质稳定，可在常规下使用。小剂量的聚六亚甲基双胍一般不会出现副作用，但长期大剂量使用聚六亚甲基双胍，可能会引起毒素聚集，损害肝肾功能，给人体带来伤害。
因此，长期正确使用聚六亚甲基双胍，一般无明显副作用、无腐蚀性、无毒、不燃不爆，是一种较好的杀菌剂。