从医学上来讲，传染病一般是指由病原微生物引起的，由感染患者和其他宿主引起的通过各种媒介（如空气、水等）引起的人与人之间互相传染的疾病。流行病也大致如此，只不过其传播途径以空气、飞沫传播等难以防控的传播方式为主，感染力极强，极容易造成群体感染的暴发。二者在本质上相似，在医学研究上属于两个学科。
传染病是会传染的疾病，也就是说，可从一个生物体藉由病原体传染到另一个生物体的疾病。流行病是流行病学的研究主题，当某一疾病之观察值超过预期值，比预期的多时，就称之为流行病。流行病学是公共卫生的重要科目，研究人群疾病与健康状况的分布及影响因素，探讨如何预防控制疾病、促进健康的学科，是预防医学的重要分支。
流行病学不仅研究传染病，其他如慢性病(如癌症、心脏病、糖尿病、高血压等)、精神疾病与意外事件等健康议题，甚至各种疾病的危险因子，如抽烟、肥胖、营养摄取状态、生活型态等，都是流行病学研究的课题。流行病和传染病区别不仅在于其感染人数，有时也在于一个区域生活质量导致的聚集性发病，例如现在糖尿病人比以前多，也是流行病，但不是传染病，登革热比去年多，既是流行病又是传染病。