为什么锻炼后肩颈反而不舒服可能是因为肌肉劳损、颈椎病等原因所致，建议患者根据不同的原因采取相应的治疗措施。
1、肌肉劳损
患者在进行体育锻炼的时候，如果没有进行前期的热身运动、锻炼姿势不正确等情况，可导致肩颈肌肉筋膜等软组织劳损及缺血，从而引起后背疼痛的症状，部分患者可能会出现锻炼后肩颈反而不舒服的现象。建议患者可使用局部热敷的方式，促进血液循环并松弛肌肉，可起到缓解局部肌肉疼痛不适的症状。如疼痛严重的患者，建议可在医生指导下使用布洛芬、对乙酰氨基酚等药物进行治疗，还可配合使用按摩、针灸等方式缓解症状。
2、颈椎病
颈椎病主要是由于颈椎退行性病变导致的颈椎脊髓、神经根、椎动脉受压等情况，从而刺激交感神经，引起肩颈部疼痛、头痛、头晕等症状。如颈椎病的患者进行激烈的体育锻炼，可导致症状加重的情况，可能会表现为锻炼后肩颈反而不舒服的情况。建议患者可以在医生协助下使用颈部牵引的方式，减轻颈椎对神经的压迫，缓解疼痛的症状。患者也可在医生指导下使用非甾体抗炎药进行治疗，如双氯芬酸钠、吲哚美辛等，也可遵医嘱配合使用甲钴胺、维生素B12等营养神经药物进行治疗。对于症状严重的患者，还可通过手术的方式进行治疗。