生殖疱疹病毒一般情况下较难根治，容易复发，但经过积极治疗，可改善临床症状。
生殖器疱疹病毒的病原体为单纯疱疹病毒，临床并没有药物能够完全杀灭单纯疱疹病毒，患者可以在医生指导下使用抗病毒药物进行缓解治疗，但一般情况下难以根治。生殖疱疹病毒由单纯疱疹病毒感染引起，单纯疱疹病毒可分为Ⅰ型和Ⅱ型。一般Ⅰ型单纯疱疹病毒主要引起生殖器以外的部位病变，Ⅱ型单纯疱疹病毒主要引起生殖器疱疹，属于性传播疾病。单纯疱疹病毒属于DNA病毒，通过直接或间接接触方式感染人体，感染后主要的临床表现是在外生殖器部位出现群集性的水疱，在皮肤表面形成群集性水疱样损害，具有反复发作的特点。
由于大部分感染生殖疱疹病毒的患者有反复发作倾向，因为病毒平时可潜伏在骶尾神经节，免疫力下降时病毒可加速繁殖，导致局部出现水疱，所以患者需进行持续药物治疗缓解症状。在疾病发作时服用治疗量的抗病毒药物，没有发作时不停药，而是使用维持量的抗病毒药物进行治疗，可抑制病毒的发展。临床上常使用阿昔洛韦、更昔洛韦等药物进行治疗，建议患者需在医生指导下使用。