乳头瘤病毒一般靠自身免疫力清除，患者也可以口服胸腺肽、转移因子等药物进行治疗，此类药物是通过提高全身免疫力，抵抗病毒的原理，来治疗乳头瘤病毒。
1、胸腺肽
胸腺肽具有调节和增强机体免疫功能、抗病毒的作用，如乳头瘤病毒感染导致的宫颈癌、尖锐湿疣等。T细胞缺陷病如先天性大血管异常、食道闭锁等。自身免疫性疾病如红斑狼疮、白血病等。主要有效成分是胸腺肽，是从小牛胸腺中提取的非特异性的多肽类物质，为免疫调节药。本品可能影响NK前体细胞的趋化，该前体细胞在暴露于干扰素后变得更有细胞毒性。因此，本品具有调节和增强人体细胞免疫功能的作用。
2、转移因子
转移因子是一种增强人体抵抗力、调节人体免疫力的药物，主要成分含多肽、多核苷酸和氨基酸等混合物的溶液，用于某些抗生素难以控制的病毒性疾病的治疗或霉菌性细胞内感染的辅助治疗，如乳头瘤病毒、带状疱疹等，也可作为恶性肿瘤的一种辅助治疗剂，能够将供体的特异性和非特异性的细胞功能转输给受体，扩大受体的免疫反应，触发和调节细胞免疫功能，使没有接触抗原的一些细胞致敏，增强协同参与免疫反应的巨噬细胞的识别、结合、吞噬和消化抗原的能力。能够纠正机体失衡的免疫系统，是免疫力低下患者或免疫失衡患者的常用药物。