长期服用短效避孕药对身体可能会有一定伤害，其影响有胃肠道、内分泌、卵巢功能等。
1、胃肠道
短效避孕药可能会刺激胃肠道，导致胃肠黏膜受损，从而导致各种胃肠道疾病。因此长期服用短效避孕药可能导致急性消化道溃疡、急性胃炎、十二指肠溃疡等疾病。如果患者服用后出现反胃症状，可以遵医嘱服用维生素B6来缓解症状。
2、内分泌
短效避孕药主要成分是孕激素以及少剂量的雌激素，长期服用短效避孕药会导致体内激素分泌紊乱，出现内分泌失调等症状，容易引起月经周期紊乱，导致月经周期延长或者缩短，严重时还有可能会导致体内雌激素和性激素分泌下降，影响身体恢复。在雌激素的作用下，水钠潴留可能导致女性体重增加、肥胖。
3、卵巢功能
服用短效避孕药会抑制卵巢卵泡的发育，但对卵巢的功能影响不严重。一般患者停药以后卵巢功能慢慢恢复排卵，正常受孕。患者在服药期间观察自身情况，有不适时随诊即可。