手指甲凹凸不平有小坑，一般可由外伤、甲营养不良、甲真菌病等引起，需要及时结合病因进行针对性治疗。
1、外伤
指甲外伤可导致指甲出现凹凸不平、脱落等，指甲轻度外伤无需处理，因为其可通过再生使指甲保持正常状态。若为重度外伤，甲基质出血后渗入甲板，可引起暂时性部分或完全指甲脱落。防止甲板脱落，可在甲板上穿孔排出血液。对于急性甲基质切断的患者，修补的方法是手术移去甲板，缝合已分离的甲基质，若手术成功，可避免发生甲纵裂。
2、甲营养不良
甲营养不良通常是多种因素通过影响甲母质的结构和功能导致甲板形成障碍，使甲板出现各种形状、质地和颜色的异常等。导致甲营养不良的影响因素包括先天性的和获得性的。甲营养不良通常发生在多个指、趾甲，典型表现是患者指甲变薄、浑浊、易碎、变形、凹凸不平等。对于湿疹、扁平苔藓以及银屑病等疾病导致的甲营养不良，可以遵医嘱使用卡泊三醇软膏、他克莫司软膏或曲安奈德等进行治疗。对于贫血、发热以及红皮病等疾病引起的症状，则需进行治疗原发病，并在病情好转之后才会促进新生甲的生长。若出现甲肿瘤，则需进行手术治疗。
3、甲真菌病
甲真菌病通常由皮肤癣菌感染所引起，多由手足癣直接传染导致，甲真菌病患者的指甲可以表现为浑浊、增厚、分离、凹凸不平、萎缩、脱落等。若明确为皮肤癣菌感染所致，可遵医嘱口服药物特比萘芬和伊曲康唑等，外用药物有阿莫罗芬搽剂，可单独或联合口服药物使用，注意用药需遵医嘱服用。
除以上常见因素外，也可能是由于银屑病甲等引起的，应及时到医院完善相关检查，明确原因，再进行针对性的治疗。