巧克力囊肿和卵巢囊肿的区别，在于病因、症状的不同。
1、病因
巧克力囊肿是指具有生长功能的子宫内膜发生异位，转而在卵巢皮质内生长，发生周期性出血而囊内陈旧性的血液聚集形成咖啡色粘稠液体，像巧克力样，主要是由于遗传因素与免疫因素引起。而卵巢囊肿一般是指卵巢浆液性囊腺瘤或卵巢畸胎瘤，也可能是由于不排卵形成的单纯性囊肿或者排卵后形成的黄体囊肿。
2、症状
巧克力囊肿主要表现为痛经，慢性盆腔疼痛，月经异常和继发不孕等症状，囊肿破裂时可出现剧烈疼痛。而卵巢囊肿主要表现为下腹部有坠胀感、隐隐作痛，伴腰骶部疼痛以及性交痛，当囊肿破裂时还可以引起急腹症。另外，从超声图像上显示巧克力囊肿囊壁较厚且粗糙，囊内有细小点状样回声，与卵巢囊肿超声不同，巧克力囊肿和卵巢囊肿通过病理检查能够明确区分。
不管是巧克力囊肿或卵巢囊肿，对于女性的身体危害都很大，建议一经发现立刻入院就医，全面检查评估后进行治疗。