目前并未有权威机构对眼部周围扁平疣的最佳去除方法是什么作出结论，临床上多见选用药物、冷冻、激光等方式进行去除。眼部周围扁平疣一般由于患者感染人乳头瘤病毒而引起。
1、药物
眼部扁平疣可以通过药物治疗进行去除，患者可遵医嘱外用药物进行治疗，常用的药物有重组人干扰素α-2b凝胶、氟尿嘧啶软膏、咪喹莫特乳膏等。外用药物治疗扁平疣起效比较慢，治疗时间比较长，需要长期使用。对于严重者可口服异维a酸胶囊治疗，但患者需要注意抗病毒药物为处方药，患者需要在医生指导下进行使用。
2、冷冻
冷冻治疗是利用能够引起低温的物质制冷剂作用在病变的组织，使其发生坏死、脱落而达到治愈。制冷剂有多种，目前最常用的是液体氮。
3、激光
激光能够去除眼部周围的扁平疣。激光主要是集中热量，通过光学效应分解扁平疣中的坏死细胞组织，使坏死细胞组织短时间内不再存活，刺激新的假蛋白增生。