甲硝唑是抗生素，对引起牙周炎的细菌确实有一定的杀灭作用，但这个作用是有局限的，并不能杀死口腔内的所有细菌。口腔并不能完全做到无菌的状态，大部分口腔内的细菌是无害的，不需要杀灭，只有一部分的细菌能够导致龋齿或者是牙周疾病，属于有害细菌，这部分细菌应该清除干净。而且在没有疾病的情况下，是不需要通过吃药来杀灭细菌的，清除口腔内有害细菌的的方法有刷牙和漱口、洗牙以及应用药物漱口水。
1.刷牙和漱口
刷牙和漱口能够机械性的去除掉牙齿表面和舌头表面的细菌，是预防龋齿和牙周炎最重要的方法之一。
2.洗牙
对于牙结石及牙周袋内的致病菌，采用日常刷牙的方法，一般不能完全彻底的清除掉，可以选择超声波洗牙的方法，将牙结石及牙周袋内的细菌清除干净。
3.应用药物漱口水
如果口腔内患有炎症，比如智齿冠周炎，导致口内炎性分泌物增多，可以适量使用具有消炎功能的漱口水来漱口，比如用浓替硝唑含漱液来漱口，可以达到消灭细菌的目的。
甲硝唑的作用很多，主要可以灭杀厌氧微生物，可以干扰细菌的生长，从而保护组织。口腔内有好几百种细菌，很多是致病菌，但绝大多数还是口腔内的正常菌群。这些细菌在维护口腔环境的稳定上有着重要的作用。目前没有任何药物或方法能够彻底杀灭口腔内所有的细菌的，过量使用抗生素还会造成口腔生物微环境的失调，从而影响口腔健康。因此，如果有口腔疾病应及时就医，在医生指导下对症治疗，切不可擅自使用甲硝唑等抗生素类药物。