根管治疗步骤可以分为根管预备、根管消毒及根管充填，每一个治疗步骤均可能会出现治疗后疼痛的情况。
1.根管预备、根管消毒
若根管治疗的过程中治疗器械超出根尖孔损伤根尖周围组织，会造成组织水肿；若根管预备时将根管内的坏死组织和细菌推出了根尖孔，会造成根尖的急性炎症；若根管消毒过程中药物渗出根尖孔，会造成化学性根尖周炎，均可造成疼痛难忍的情况。以上情况需要按照急性炎症处理，对牙齿做适当的调磨，全身输液消炎，待炎症消除后再行治疗。对于已经根管充填的患者经过处理后会逐渐好转。
2.根管充填
若遗漏有感染的根管，治疗后仍然会有疼痛，需要找到被遗漏的根管，然后做根管充填治疗；如果有根管充填不到位的，也会引起疼痛，同样需要重新做根管充填治疗；如果根管充填时牙胶超出了根尖孔也会对根尖造成刺激，引起疼痛，这类患者需及时前往有资质的口腔专科医院或者综合医院口腔科就诊，通过进行根尖手术将根尖的炎症去除。
此外，对于根分叉病变和牙周牙髓联合病变―逆行性牙髓炎也会引起治疗后疼痛，这两种情况无法通过根管治疗解决问题，需要做牙周处理，降低咬合，如实在无法保留可以考虑拔除换牙。
综上，根管充填治疗是个非常复杂的过程，治疗过程中难免出现问题，一旦出现了疼痛或是肿胀，应及时复诊，对症处理。