曲霉菌肺炎治疗时间通常在半年以上，急性期治疗在一个月左右。曲霉菌肺炎指由曲霉菌导致的肺部感染，由于曲霉菌感染属于侵袭性肺实质器官的感染，所以又称为侵袭性曲霉菌感染。患者可以给予静脉的抗真菌药物治疗，主要有伏立康唑、氟康唑、伊曲康唑、米卡芬净、卡泊芬净等。这些抗真菌药物可以有效控制真菌感染，包括曲霉菌感染，以减轻患者的发热、咳嗽、咳拉丝痰，甚至痰中带血以及全身的多种慢性、消耗性症状，包括饮食不佳、身体消瘦。曲霉菌肺炎经过急性期的一个月治疗后需要改为序贯疗法，也就是口服抗真菌药物，包括伏立康唑治疗，吃药时间在半年左右，以避免曲霉菌感染复发。曲霉菌感染引起的肺炎多为二重感染肺炎，治疗时间长、需要加强营养和免疫功能治疗，以保证抗真菌药物的有效治疗过程。
患者在治疗时，饮食方面要食用含热量高的蛋白质类，但是相对也要清淡，不要食用太多油炸食品，多补充蔬菜、水果，保证维生素C的摄入。生活中不要过度劳累，也不要熬夜，注意保温，注意室温和湿度，避免空气太过干燥，加重病情。