口腔里两侧有两个疙瘩可能是正常生理结构，但也可能是口腔溃疡、根尖周炎、颌下腺囊肿、口腔息肉等病理性原因导致，其治疗方法需根据引起的原因不同进行综合评估。
1、正常生理结构
口腔里两侧有两个疙瘩可能是正常人的口腔里存在的正常结构，医学上称为轮廓乳头。在正常情况下，表面会微微凸起，若无不适症状，一般属于正常情况，患者无需过分担心。
2、口腔溃疡
口腔溃疡是一种口腔黏膜疾病，发生在口腔黏膜上，可能是缺乏微量元素、精神压力过大、局部创伤等原因导致。溃疡呈圆形或者椭圆形，周围充血，可出现明显疼痛感，也可出现在口腔里两侧，表现为上述现象。如果是缺乏微量元素导致，患者应适当吃新鲜的蔬菜和水果，同时补充适量的铁、锌等微量元素，必要时也可遵医嘱口服多维元素片、赖氨葡锌颗粒等药物进行调理。
3、根尖周炎
该疾病是指发生在根尖周组织的炎症性病变，可能与细菌感染、物理刺激等因素有关，患者可能会出现牙痛、肿胀等症状，同时患者也可出现此类症状。患者可以在医生指导下使用阿莫西林胶囊、甲硝唑片等药物进行治疗，也可以通过根管治疗的方式进行治疗。
4、颌下腺囊肿
颌下腺囊肿是由导管创伤破裂或导管阻塞引起的，由于较薄的腺泡逐渐扩张，会形成含有液体的潴留性囊肿，也可出现在口腔里两侧，出现上述情况。如果患者颌下腺囊肿较小，一般没有任何症状，患者可定期进行观察，不需要进行特殊治疗。如果颌下腺囊肿较大，可能会对周围组织造成压迫，进而出现疼痛、进食困难等症状，此类患者一般需通过手术进行治疗。
5、口腔息肉
口腔息肉是指发生在口腔内的良性肿瘤，可能与长期吸烟酗酒、口腔卫生不良等因素有关，患者可能会出现口腔有凸起、肿胀等症状。患者可以遵医嘱使用清火片、清火栀麦片等药物进行辅助治疗。患者也可以在医生指导下通过激光治疗、冷冻治疗等方式进行治疗。
另外，如果患者不适症状明显，建议及时前往医院就诊治疗。