墨鱼的内脏和墨囊不建议食用。墨鱼的内脏包括腮、墨囊等，墨鱼体内的墨囊含有许多墨汁，不易洗净，且食用后可能导致牙齿、口腔黏膜着色，而且，墨鱼的内脏中含有墨鱼的分泌物，并且还存在大量的细菌以及微生物，所以墨鱼的内脏不能食用，所以不建议食用，以免造成食物中毒，出现腹泻、呕吐等症状。
去除内脏和墨囊后的墨鱼可以放心食用，墨鱼营养价值十分丰富，含有蛋白质、碳水化合物、维生素及无机盐等营养成分，并且脂肪含量较少。并且墨鱼内壳富含大量碳酸钙，可辅助抑制胃酸分泌过多的情况，常用于辅助改善胃溃疡引起的不适症状。另外，墨鱼中还富含牛磺酸，可辅助抑制血液中的胆固醇含量，从而辅助改善肝脏功能、辅助缓解疲劳和辅助改善视力，所以对于胃溃疡患者、减肥患者可以适当食用。
但是墨鱼含嘌呤比较高，因此过敏体质的人群吃墨鱼后，可能会出现过敏反应，如皮肤出现红疹，或出现一些胃肠道反应，如呕吐、腹泻等。因此，建议过敏体质或处于过敏期的患者，应避免食用墨鱼。此外，对于高血脂患者、高胆固醇患者、痛风患者不建议食用墨鱼，墨鱼胆固醇、嘌呤含量较高，食用后容易导致病情严重。