凌晨三点头晕可能是由于熬夜、颈椎病、脑血管疾病以及风寒感冒等原因所致。需要及时去医院查询病因，对症治疗。
1、熬夜
若患者经常熬夜指凌晨三点，此时患者会处于极度疲惫的状态，且会伴有头晕脑胀、眼花等症状，一般在得到充分的休息后可缓解，不用过于担心。
2、风寒感冒
风寒感冒，也可以导致凌晨三点头晕。风寒感冒主要是由于病毒感染引起的，在病毒感染之后，会导致人体出现发热、头痛、头晕的现象。一定要注意休息，保持良好的睡眠，要多喝温开水促进排尿，同时口服连花清瘟胶囊、感冒灵颗粒、苦甘颗粒等药物治疗。在饮食上要注意清淡，多吃蔬菜和水果，少吃油腻、辛辣和刺激性的食物。
3、颈椎病
由于颈椎增生，椎间盘病变、突出，压迫到神经和血管等原因造成。尤其是脊髓型颈椎病，在体位不正确的情况下就会出现头晕，如睡觉长时间侧卧位，有时伴有头痛、恶心、呕吐症状。所以建议患有颈椎疾病的患者，在睡觉时枕的枕头不要太高，平时不要长时间低头，避免久坐。注意颈部防风寒、防潮湿，加强颈部肌肉锻炼，比如颈椎保健操、通过蛙泳强化颈部肌肉，保护颈椎。如有必要，可以通过适当的颈椎牵引改善症状。
此外也可能是脑血管疾病导致，建议积极完善相关检查后遵医嘱对症治疗。