经呼吸道传播的病原体主要有病毒、细菌、支原体等。
1、病毒
经呼吸道传播的病毒主要包括流行性感冒病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒等。此类病毒的特点是经飞沫传播，传染性强，多出现各种呼吸道症状，且易发生继发性细菌感染。常需要采用抗病毒药物进行治疗，如阿昔洛韦、更昔洛韦、利巴韦林、四季抗病毒口服液，蒲地蓝消炎口服液等。
2、细菌
常见的经呼吸道传播的细菌包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、肠杆菌属、不动杆菌等。需要根据痰培养的结果，然后选择敏感的抗生素来治疗。临床上常用的抗感染药物包括头孢类抗生素、喹诺酮类抗生素、大环内酯类抗生素、青霉素类抗生素和多肽类抗生素等。
3、支原体
支原体可经过呼吸道飞沫传播引起呼吸道感染，是常见的呼吸道感染的病原体之一，以儿童以及青少年容易感染。呼吸道支原体感染患者主要以反复干咳为主。呼吸支原体一般愈后良好，少数免疫力低下的患者可引起重症肺炎或者合并细菌或病毒感染引起重症肺炎。常采用药物治疗，大环内酯类抗菌药物为首选，如红霉素、罗红霉素和阿奇霉素，氟喹诺酮类如左氧氟沙星、加替沙星和莫西沙星等，四环素类也可用于支原体感染。