上呼吸道感染高烧40度一般是由病毒或细菌等感染引起。出现高烧40度的现象，需要结合具体病因尽快给予对症治疗。急性上呼吸道感染大多数由病毒引起，包括鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。少部分上呼吸道感染是由细菌引起，以溶血性链球菌为最常见，其次为流感嗜血杆菌、肺炎球菌、葡萄球菌等，偶或为革兰阴性细菌。
1、病毒性上呼吸道感染
出现发烧40度时，可以物理降温，用酒精擦浴或者冰块敷在额头、颈部、腋下以及腹股沟，还有四肢大血管走行处，可以使用一些退烧药，例如非甾类抗炎药等。鼻塞，流鼻涕等患者可以使用抗组胺药。当患者出现严重的全身症状时，需要在48小时前使用抗病毒药物。在治疗期间可以使用一些清热解毒的中成药，可以缓解感染的症状，还能促进症状的恢复。病毒性上呼吸道感染是由多种病毒引起的急性上呼吸道感染，病原体主要侵犯鼻、咽、扁桃体及喉部而引起炎症。
2、细菌性上呼吸道感染
出现发烧40度时，需要给予退热，可以酌情选择非甾体解热镇痛药，如布洛芬、酚麻美敏混悬液等。但切忌连续使用，避免大量出汗、虚脱等，注意补液，减少体液流失。同时进行抗菌治疗，才能够达到理想的治疗效果。多采取应用口服抗生素或是静滴，以及选择清热解毒和抗病毒的中成药进行辅助治疗。如果出现严重呕吐以及纳差，可以适当地补液，联合用药治疗，但需要遵医嘱用药，不可以擅自使用。细菌性上呼吸道感染是由于细菌感染，或继发于病毒感染引起细菌性上呼吸道感染。多见于口腔定植菌溶血性链球菌，接触病原体后是否发病，取决于传播途径和易感人群。