月经结束16天又来月经，可能是由于内分泌失调、子宫肌瘤以及输卵管炎等疾病引起的。具体治疗方法需要根据具体病因选择最合适的方法。
1、内分泌失调
正常情况下，是一个月来一次月经，如过患者出现月经结束后16天又来月经，或月经期提前过多的情况，有可能是卵巢功能异常造成分泌性激素紊乱导致的。患者可以在医生的指导下口服当归调经丸、乌鸡白凤丸等进行调理，平时要注意养成良好的生活习惯，不能有太大的压力，同时也要避免情绪低落、暴躁、熬夜、节食减肥，以免影响内分泌，引起月经周期紊乱。
2、子宫肌瘤
患有子宫肌瘤妇科疾病可能会引起月经期提前，引起不规则的阴道出血，使患者出现月经结束16天又来月经的情况。患者可以在医生的指导下服用桂枝茯苓胶囊，小金丸，坤泰胶囊等中成药进行调理。如果肌瘤的尺寸比较大，月经时间长，可能需要采取手术治疗的方法进行处理。患者平时注意饮食调节，注意避免吃含雌激素比较高的食物，如鸡蛋、蜂蜜、豆腐、牛奶等。
3、输卵管炎
当出现输卵管炎等妇科炎症时，会使体内激素水平出现波动，情绪因素，使下丘脑-垂体-卵巢神经内分泌调节功能失调，对月经会有影响，可能会引起月经提前或引起阴道出血等情况，可具体表现为月经结束16天又来月经。输卵管炎患者可以在医生的指导下通过使用抗生素来进行治疗，服用头孢类抗生素联合甲硝唑或者替硝唑进行治疗。用药期间需要禁止性生活，禁止食用辛辣、刺激性的食物，还要注意外阴清洁卫生。