流感眼睛疼一般是病毒性结膜炎所导致的，因为眼睛通过鼻泪管和鼻腔咽部粘膜互相连通，当出现呼吸道流感的时候，炎症会顺着鼻泪管侵犯到眼睛的结膜，从而使眼睛出现红肿、疼痛等症状。其不适症状一般可伴随流感痊愈而消失，积极治疗流感即可缓解眼睛疼的情况，流感的治疗方法有一般治疗、抗病毒治疗、中医治疗等。
1、一般治疗
病毒性结膜炎属于传染性疾病，一旦确诊为流感，要尽早隔离患者。在隔离治疗期间，应予以良好监护，包括生命体征和外周血氧饱和度等。以局部用药为主，有全身症状时可全身给药，有全身感染症状的患者应卧床休息，避免用眼过度，也可以对患眼进行冷敷，以缓解症状。合并存在高热症状的患者还可选择物理降温，如用冷毛巾敷额头、温水擦浴全身等。
2、抗病毒治疗
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生的指导下充分结合患者个人情况选择最合适的药物。常用局部抗病毒药物包括阿昔洛韦眼水、更昔洛韦眼水或眼膏、0.1%利巴韦林眼水、干扰素眼水、环胞苷等，可选用2-3种药物更替使用，直到炎症消退。
3、中医治疗
中医治疗流感就是根据症状进行辩证，采用清热宣肺、化痰、止咳、解毒这一类中药，来进行调治。另外在日常生活中，也可以在服中药的同时可以配合针灸、艾灸、贴耳穴等这些方法进行辅助治疗，可以有效的缓解流感的症状。
患者在日常生活中要注意用眼卫生，定期进行视力、裂隙灯检查，预防原则是控制传染源，切断传播途径。