一咽口水右一侧头疼可能是化脓性扁桃体炎、咽炎、神经性头痛等疾病导致，需对症治疗。
1、化脓性扁桃体炎
化脓性扁桃体炎常指的是急性化脓性扁桃体炎，是细菌或病毒等微生物感染引起的腭扁桃体的急性化脓性炎症。该病是临床常见的上呼吸道感染性疾病，多由链球菌等细菌感染导致，常伴有程度不等的咽部黏膜和淋巴组织的炎症。主要症状为咽痛，以咽部剧烈疼痛为主，可能疼痛持续超过48小时，疼痛可放射至耳部，多伴有吞咽困难，有时可出现咽口水时右一侧头疼的症状。若患者出现高热、畏寒、头痛、乏力等全身症状，或严重咽痛、吞咽困难、扁桃体肿大等局部症状时，应及时就医，做进一步检查。治疗以抗生素治疗为主，可用青霉素、阿奇霉素等抗生素治疗，同时局部使用复方硼砂溶液等含漱液治疗。反复发作患者在炎症消退后2-3周可行扁桃体摘除术治疗。
2、咽炎
咽炎是由细菌感染、病毒感染、环境等因素引起的咽部黏膜、黏膜下和淋巴组织炎症的统称，是人体咽部的非特异性炎症。其可单独发生，也可合并其它上呼吸道炎症。患者病情严重程度不同，其咽炎症状轻重也不一样，常表现为咽部干燥、发痒、咽痛、吞咽困难、发热、咽口水时右一侧头疼等症状。可用复方硼砂溶液或生理盐水含漱，缓解症状。还可根据感染源选择抗生素治疗或抗病毒药物治疗。可根据药敏试验结果选择青霉素、头孢克肟等抗生素，以及根据病毒种类选择奥司他韦、利巴韦林、泛昔洛韦等抗病毒药物治疗。
3、神经性头痛
神经性头痛又称紧张性头痛，是由精神紧张或者情绪紧张引起头皮的筋膜或者肌肉收缩导致的头痛。患者头部会有紧箍感，表现为头皮不舒服的感觉。神经性头痛主要表现为持续性的头部闷痛、压迫感等，还会伴有气短、恐惧、耳鸣、腰酸背痛等症状。若是疼痛加剧，有时还会出现一咽口水出现右一侧头疼的症状。可在医生指导下服用劳拉西泮、氯硝西泮等药物缓解神经性头痛导致的焦虑失眠等症状，还可服用对乙酰氨基酚、阿司匹林等药物镇痛。此外，也可采用心理疗法改善因心理因素或精神疾病导致的神经性头痛。另外，日常需注意休息，保持情绪稳定，不可过于激动或易怒，以免导致疼痛加重。